Prvi pouzdani podaci potiču iz 1651. godine. U periodu od 1686.-1697. godine, Turci su u četiri navrata rušili manastir, a 1707. je obnovljen. Izgradnja nove crkve je trajala od 1741. do 1749. godine. Graditelji crkve su bili Teodor Kosta i Nikola Krapić.Tokom Mađarske bune 1848-49. godine požar je zahvatio manastir, oštetio unutrašnjost nove crkve i skoro potpuno uništio staru crkvu, koja je godinu dana kasnije srušena.

Posle bune, sa svih strana stizala je pomoć u novcu i darovima za obnovu crkve i konaka. Od tada nova crkva predstavlja jedan od najmonumentalnijih kulturno-istorijskih objekata u Bačkoj.
Sadašnja manastirska crkva građena je u srpsko-vizantijskom stilu moravske škole po uzoru na Manasiju i Ravanicu.

Unutrašnje površine zidova manastira nisu živopisane, na njima nema starih fresaka, ali je tu prekrasan ikonostas akademskog slikara Aksentija Marodića, rađen u osmoj deceniji 19. veka. Ikonostas je bogato ukrašen duborezom i scenama iz Hristovog života, kao i sjajnim kopijama, koje je Marodić kopirao u slavnim galerijama po Italiji. Novosadski majstor Ludvig Tauš je ikonostas pozlatio i mramorisao 1892. godine.

U manastiru se pored prekrasnog ikonostasa nalaze ikone, koje su radili različiti majstori XVIII i XIX veka. Od značajnih ličnosti koje su potekle iz manastira posebno treba izdvojiti Jovana Rajića (1726-1801), koji se smatra ocem srpske istorije. Njegovo delo o istoriji Srba, Hrvata i Bugara stvarano je u koviljskom manastiru, u kojem se danas nalazi grob ove istaknute ličnosti.

U kompleksu današnjeg manastira čuvaju se slikarski radovi Uroša Predića i brojne umetničke slike drugih umetnika, zatim bogata manastirska biblioteka, kao i memorijalni muzej Jovana Rajića. Tokom Drugog svetskog rata manastir je opljačkan od strane Mađara, a neki predmeti se i danas nalaze u budimpeštanskim muzejima. Posle Drugog svetskog rata nastupa težak period za monahe. Manastiru je agrarnom reformom oduzeta skoro sva zemlja i privilegije koje je imao i za vreme turske, kao i za vreme austro-ugarske vlasti.

U blizini manastira nalazi se kapela posvećena Svetoj Petki ili „vodica“, kako je još zovu. To je još jedna atraktivnost za potencijalne turiste, zbog svoje slikovitosti i jedinstvanosti, kao i svojevrsni simbol sela. Predanje kaže da je neka žena usnula san u kome joj bi rečeno da ode na izvor lekovite vode u blizini koviljskog svetoarhangelskog manastira da nađe leka, jer je dugo bolovala od neizlečive bolesti. Tako i bi. Žena zadobi isceljenje i u znak zahvalnosti dade da se sagradi kapela Svetoj Petki, jer sve ovo se i dogodilo uoči praznika Svete Petke 27. oktobra.

Na vrhu starog hrasta na koji se oslanja kapela Svete Petke, a za koji je procenjeno da ima preko 600 godina, nalazi se rodino gnezdo, ptice koja je simbol rađanja novoga života, a zbog brojnosti populacije koja se gnezdi u selu, može se smatrati i simbolom Kovilja.

Ali, manastir ne čine prvenstveno zgrade, hram i  konaci, nego zajednica ljudi koja u njemu živi.
,, Manastir je zajednica ljudi koji su, da se tako izrazim, renjeni strelom ljubavi božje i to do te mere da su bili spremni da se odreknu svega što ovaj svet nudi i da dođu na jedno mesto koje jeste mesto molitve, gde se kroz molitvu izgrađuje mir između Boga i čoveka, između čoveka i čoveka i izmeđučoveka i prirode. Tu se uspostavlja mir i u čoveku samom, harmonija između njegovog duhovnog i materijalnog, telesnog aspekta'', kaže episkop jegerski Porfirije, vikar Bačke eparhije, iguman manastira Kovilj.

Bratstvo manastira Kovilj broji 30 monaha, što Kovilj čini jednim od najbrojnih muških manastira u okviru Srpske pravoslavne crkve. Skoro polovina monaha je visokoobrazovana, a deo njih nastavlja obrazovanje i usavršavanje u teološkim naukama. Među monasima Kovilja ima i stranaca. Otac Sava, došao je sa Novog Zelanda pre više od petnaest godina. Potiče iz porodice katolika i protestantkinje, a prešao je u pravoslavlje i zamonašio se u šesnaestoj godini. ,,Tražio sam istorijski kontinuitet'', kaže, ,,ranovremenski i današnji. Najbliža tome je pravoslavna vera.'' Porodica je to prihvatila. Godinu dana bio je monah u Australiji, a onda je tražio da dođe u Srbiju. Prešao je ceo svet da dođe u Kovlij. Tu je našao sve što mu je potrebno.

Kaluđeri, sem što su posvećeni svom duhovnom životu, imaju i niz svakodnevnih aktivnosti.
Pevaju u čuvenom, manastirskom horu koji neguje tradicionalno vizantijsko pojanje, slikaju ikone, prve sveće...

Manastir Kovilj je u javnosti postao poznat prevashodno po televizijskoj emisiji ,,Bukvar pravoslavlja'' koja je na TV Novi Sad i I programu RTS emitovana skoro deset godina. Vođa projekta bio je vladika Irinej, a vladika Porfirije i monasi manastira Kovilj radili su na projektu. Vrlo brzo je usledila reakcija na njihov ,,izlazak iz manastira''. Neuobičajeno veliki broj ljudi počeo je dolaziti u Kovilj. Dolazili su ljudi radi običnih duhovnih razgovora i zbog potrebe da se ispovedaju, ali stizali su u velikom broju i oni koji imaju duboke egzistencijale, duhovne, psihološke i sve druge probleme sa kojima se suočava moderan čovek. Neki od njih su rešenja tražili na pogrešan način, pa su posrnuli u alkohol, drogu i kriminal. Pokazalo se da razgovori sa duhovnicima pomažu, pa je to usmerilo deo manastirskih aktivnosti ka osnivanju kampa na Čeneju u kome se pruža pomoć mladim ljudima. ,,Bez pretenzija da imamo rešenje za probleme koji muče ljude, mi se trudimo da makar elementarno razumemo njihovu muku i koliko je to moguće, oslanjajući se na Boga, da im pokažemo jevanđeljsku i hrišćansku ljubav'', kaže vladika Porfirije.

Uz redovne molitve i rad na imanju, poseduju savremenu liniju za prizvodnju sveća čijim se voskom snabdevaju iz manastirskog pčelinjaka. Pre svega poznati su po manastirskoj rakiji i medu, koje sami spravljaju od voća i košnica iz manastirskih voćnjaka i šuma.

Pčele su u manastiru najpre bile poverene monahu Agapiju, a pomagao mu je iskušenik Milenko – sada monah Panaret. Treba naglasiti da je pčelinjak manstira Kovilj jedan od retkih pčelinjaka koje je Udruženje pčelara ,,Jovan Živanović'' poklonilo, a koji još uvek postoji i štaviše, razvija se na osnovu tehnoloških i nučnih dostignuća u pčelarstvu.

Pošto se tokom godina manastirski pčelinjak znatno uvećao, od jeseni 2002. god. na čika – Batin predlog, dolazi pčelar Saša Jakšić iz Novog Sada i sa kolegama te godine uzimljavaju pčele. U to vreme pčelinjak je trajno izmešten iz manastirskog dvorišta u manastirsku šumu, koja na svojih 14 ha idealnog položaja u samoj blizini koviljskog rita, obiluje prolećnim cvetnicama (brest, dren, džanarika, trnjina, glog, gledičija, vrba, bagremac i dr.)

Manastir Kovilj poseduje i savremenu liniju za izradu sveća od pravog pčelinjeg voska
Tokom svih ovih godina pčelinja društva sa manastirskog pčelinjaka seljena su širom Srbije i Vojvodine. Mnogo puta su u posetu pčelinjaku dolazili pčelari, studenti, ljudi od nauke i brojne domaće i strane TV ekipe koje su snimale emisije o manastiru. Manastirski pčelinjak danas održavaju pčelari Saša Jakšić i Đorđe Mrkić uz pomoć prijatelja i kolega, Dok Gospodin Saša sa grupom pčelara i bazom na manastirskom pčelinjaku, radi na formiranju centra za uzgoj selekcionisanih matica.